SMA Negeri 13 Pangkep telah mengalami beberapa kali perubahan nomenklatur. Pada awal berdirinya dikenal dengan nama SMA Negeri Unggulan Kabupaten Pangkajene dan Kepulauan sesuai dengan Keputusan Bupati Pangkajene dan Kepulauan Nomor 340/VII/Tahun 2012 dengan harapan dapat menampung lulusan SMP yang mempunyai prestasi belajar gemilang dengan konsep sekolah berasrama. Pada bulan desember tahu 2012, SMA Negeri Unggulan Kabupaten Pangkep berubah nama menjadi SMA Negeri 2 Labakkang sesuai dengan Keputusan Bupati Pangkajene dan Kepulauan. Kemudian pada tahun 2013 untuk melengkapi nama sekolah sesuai dengan konsep berdirinya yaitu sekolah berasrama maka Surat Kepala Dinas Pendidikan Kab. Pangkajene dan Kepulauan berubah nama menjadi SMA Negeri 2 Labakkang Boarding School. Pada tahun 2016, semua SMA/SMK/SLB beralih wewenang dari pemerintah Kabupaten ke Pemerintah Provinsi dan pada tahun 2017 berdasarkan Peraturan Gubernur Sulawesi Selatan Nomor 99 Tahun 2017 tentang organisasi dan tata kerja unit pelaksana telnis Sekolah Menengah Atas Negeri Pada Dinas Pendidikan Provinsi Sulawesi Selatan SMA Negeri 2 Labakkang Baording School berubah nama menjadi SMA Negeri 13 Pangkep.

Pada bulan April 2013 merupakan awal mula penerimaan peserta didik baru untuk tahun pelajaran 2013/2014. Untuk PPDB setiap tahunnya siswa yang diterima sebanyak 96 orang yang dibagi kedalam 4 kelas (3 Jurusan IPA dan 1 Jurusan IPS).

Dari awal berdirinya, SMA Negeri 13 Pangkep telah dipimpin oleh 2 Kepala Sekolah yaitu:

1. Drs. Abdurrasyid, M.Pd, (2013 - 2016)

2. Jamaluddin H, S.Pd. (2017 - Sekarang)